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2005年,在研究了8个GBS(B群链球菌)菌株的基因组后,科学家发现除了部分核心基因外,每个菌株都有自己独特的基因。Pan-genome包含了某一个物种的所有的基因。2009年,华大基因的科学家分析了亚洲人和非洲人的基因组序列,构建了人类的pan-genome图谱。2012年,通过酿酒酵母的pan-genome分析,研究人员发现了酵母的与酿酒功能相关一些基因组特异性。

参考资料:
2005 Genome analysis of multiple pathogenic isolates of Streptococcus agalactiae: Implications for the microbial “pan-genome”
2009 Building the sequence map of the human pan-genome
2012 Analysis of the Saccharomyces cerevisiae pan-genome reveals a pool of copy number variants distributed in diverse yeast strains from differing industrial environments

相关软件:
http://lfz.corefacility.ca/panseq/
http://pgap.sourceforge.net/

牛顿需要一个苹果,富兰克林需要闪电,伽利略需要望远镜,阿基米德需要皇冠。这些人有什么共同点:他们都发现了他们不能解释的现象,并全力去研究它,最终获得了开创性的发现。从观察到假设,从实验要解释,他们操作了需要解释他们选择的问题的每一个步骤。

如今,很少有单个的科学家能从头到尾(从问题提出到问题解决)追踪一个科研问题。不像是马拉松,现在的
科研更像是接力赛:我们只处理一个大问题的一小部分,然后把接力棒交给下一个科学家。在这个各方面科研进展都取得巨大发展的时代,许多科学家希望从事一些原创性的研究问题。我们评估了一些科学家选择研究问题的方式。

一些科学家通过阅读相关领域的文献,寻找那些未解决的问题。然而,事实是许多领域的问题甚者没有被发现,更别提使人觉得有兴趣了。另外一些提出一些他们觉得用他们已经掌握的方法可以解决的问题,这样就会产生很多没有意义的、和现实世界不相关的问题。这种问题产生的机制导致许多聪明而有创意的想法的产生,但这些想法只是针对那些不存在的问题,这就是所谓第三类错误:发现错误问题的正确答案。对于我们而言,太多的科研问题是基于这些思路,尤其是在行为经济学和行为科学上。

还有一类产生问题的方式:回到问题的本源:观察这个世界,发现困惑你的问题,并研究解释它。理论并不是问题产生的唯一来源,也不是定义对与错的标准。我们是否该放弃那些不存在理论基础的问题?我们是否一定要使自己的结果符合公认的理论框架?我们是否该多关注理论而不是实际问题?研究太过依赖于理论,导致我们的视野和研究方式受到限制。如果牛顿事先已经有一套已知的理论,他是否还会在办公室忙着考虑苹果落地是一件多么神奇的事情呢。

Via Science


简介:
爱因斯坦档案在线(Einstein Archives Online)由耶路撒冷希伯来大学成立,主要提供第一手的爱因斯坦的科学的和非科学的手稿,包括那些对现代社会有深远影响的科学发现的原始记录。
链接:
http://www.alberteinstein.info


简介:
包含了基础的生物化学、遗传学、细胞生物学原理。着重讲解了细胞水平的生物功能,其中包含了基因的结构与调控;同时,还有蛋白质的结构与合成,以及这些分子是如何在细胞中形成一个整体的,另外,还讲解了这些细胞是如何形成多细胞生物体的。
链接:
http://v.163.com/special/opencourse/introductionbiology.html

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